Tengo dos o más tiendas, cada una con un número de IVA diferente. ¿Es posible tener una sola cuenta MyPuratos? 

Esto no es posible actualmente. Es algo que podríamos considerar en el futuro: acceder a varias cuentas con el mismo correo electrónico/nombre de usuario. Actualmente, si tienes dos o más tiendas, cada una con un número de IVA diferente, deberás crear diferentes cuentas en My Puratos.